蛋白樣本通過1D或者2D凝膠電泳分離后，可以通過考馬斯亮藍染色或者銀染染色使蛋白能夠可視化，并且選取感興趣的蛋白進行后續質譜LC-MS/MS進行分析。
膠內蛋白質譜的最大優點就是電泳過程中避免污染物（例如，去污劑或者無機鹽）影響后續實驗，并且進行酶切后的多肽能夠很容易的進行分析檢測。然而，膠內質譜的方法有一些局限性，酶切過程中切碎的肽段不容易從凝膠中有效釋放到溶液中。另外也可以選擇結合溶液內質譜（超鏈接到溶液內質譜）的方法，通常會在質譜上機前進行1D或2D分離多肽。
實驗流程 |
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| 優勢 | 不足 | |
| 1D | 成本低; 易準備; 經典分離方法 | 膠中蛋白殘留和損失影響鑒定數據的完整和全面 |
| 2D | 分離上千個完整蛋白 | 耗時費力，重復性差 |
| DIGE | 增加2D凝膠電泳的分析速度和準確性 | 耗時費力，重復性差，成本高 |
服務流程 |
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