Q：用于質譜檢測的蛋白溶液樣品溶劑要求?

A：蛋白溶液 SDS 含量低于 0.1%。

Q：用于質譜檢測的蛋白溶液樣品蛋白量要求?

A：單一蛋白溶液蛋白總量不少于 15μg；混合蛋白溶液蛋白總量不少于 50μg（若各成分蛋白含量相差較大，含量較少的蛋白不易被檢測到）。

Q：用于質譜檢測的膠條樣品大小要求？

A：膠條以 1cm * 1cm 為宜，膠條過大容易導致酶解效率低，建議分成多份進行酶解。

Q：用于質譜檢測的膠條樣品染色要求？

A：膠條一般進行銀染或者考染；若檢測全部整個泳道蛋白的，可直接固定無需染色；染色無需顏色過深（脫色反而費時）。

Q：用于質譜檢測的膠條樣品切膠要求？

A：若檢測單一蛋白條帶，則只切取該蛋白條帶位置即可；若檢測多個蛋白條帶，則分別切取后合并；若檢測整個泳道蛋白，建議樣品只跑較短時間濃縮膠或分離膠即可切取檢測。

Q：用于質譜檢測的膠條樣品蛋白量要求？

A：若為單一蛋白條帶，該蛋白量不少于 20μg；若為多個蛋白條帶，各個蛋白的蛋白量不少于 20μg；若為整個泳道蛋白，蛋白總量不少于 50μg（其中含量較低的蛋白不易檢測）；若為純化后蛋白的互作蛋白條帶，建議純化前蛋白量不少于 5mg（純化前蛋白量過低，導致純化后互作蛋白含量較低，檢測蛋白數目較少）；膠條蛋白量不能依靠膠條染色的顏色深淺來判斷，因為顯色時間越長，顏色會越深。

Q：純化后蛋白可以直接使用蛋白溶液進行檢測嗎？

A：不推薦，純化蛋白時通常會使用抗體（親和純化不需要），如果不進行 SDS-PAGE 分離，抗體會發生干擾；如果進行興趣蛋白的互作蛋白的研究，則必須進行SDS-PAGE從而實現將興趣蛋白排除（興趣蛋白一般會是高豐度的表達，不排除會造成檢測干擾）；如果一定要送溶液的樣本，推薦下列洗脫方式（beads洗脫酸洗：elution buffer ：0.2M Glycine，0.15% NP40，pH 2.3）；但是后續樣本處理會影響蛋白數量。

Q：細胞樣本直接送樣做全組學實驗，前期應該如何準備？

A：細胞準備方法：懸浮細胞的處理方法是：1000g，4℃離心5mn，收集細胞，棄掉上清。4℃預冷的PBS輕輕吹打洗滌沉淀后轉移至1.5m離心管中，1000g，4℃離心5min，重復三次。盡可能多的棄掉上清液。細胞沉淀用液氮速凍，保存于-80℃。貼壁細胞的處理方法是:棄掉培養基，加入4℃預冷令的PBS洗滌細胞，重復兩次。加入4℃預冷的PBS，用預冷的千凈細胞刮棒將細胞刮于培養皿一側(動作要快)冰上斜置培養皿，使緩沖液流向—側。移液管吸取溶解產物至預冷1.5m離心管中。1000g，4℃離心5min，盡可能多的棄掉上清液。細胞沉淀用液氮速凍，保存于-80℃。

Q：組織樣本直接送樣做全組學實驗，應如何準備樣本？

A：動物組織常規動物組織(包括腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉和皮膚等；軟體動物如血吸蟲)的處理方法是:新鮮配制的PBS洗滌兩次，去除殘留的血液和污染物；迅速剝去脂肪和結締組織，PBS沖洗干凈；用干凈的吸水紙吸取水分；迅速放入液氮速凍，保存在-80℃。 堅硬動物組織(包括軟骨、硬骨和牙組織等)的處理方法是:新鮮配制的PBS洗滌兩次，去除殘留污染物，用千凈的吸水紙吸取水分；迅速放入液氮速凍，保存在-80℃。

Q：為什么我免疫共沉淀的目標蛋白質譜沒有檢測到?那么我這次實驗結果能用嗎？

A：關于目標蛋白質譜檢測，有一點需要了解，質譜打不到不代表實驗沒有該目標蛋白，質譜打到的一定表示存在，所以說質譜只能證明蛋白存在，不能證明不存在；其次是這個目標蛋白富集下來以后是給的全部蛋白溶液，IP富集提高的豐度有限，如果有其他高豐度蛋白存在，目的蛋白有檢測不到的可能，并不代表該蛋白在溶液中不存在。即便是目標蛋白不存在，只要其他結果能證明IP是成功的（例如IB，WB），那么質譜結果中如果有預期互作蛋白，也是可以用的，只要能找到合格的二級譜圖。

Q：我想導出所有的蛋白譜圖，且譜圖能保存多久?

A：關于導出蛋白或者肽段譜圖的情況說明，一般只能導出蛋白的二級肽段峰圖，發文章所需譜圖不是很多，一般是導出3張左右特異肽段的譜圖即可，譜圖不會丟失，只要妥善保管數據即可。

Q：送樣信息單中物種拉丁文名稱的信息應該如何填寫？

A：對于填寫表單信息，蛋白拉丁文名稱，指的是物種的名稱。蛋白類型根據您做的樣本情況，膠條一般指的是蛋白定性，技術路線主要寫您前后實驗目的，以便我們技術針對性去安排質譜實驗。一般做篩選鑒定互作蛋白，都選擇溶液混合物，不是蛋白組學；特定數據庫要上傳您外源導入蛋白，細胞或者組織來自哪個物種，就填寫哪個物種的拉丁文名稱。

Q：質譜結果中的score=0是什么原因，這些結果是否有意義？

A：Score是0的表示只有一個unique peptide，展示的目的是有些文獻也有用鑒定到一個肽段作為找到這個蛋白的證據。但是基本上都是unique peptide大于等于2的找到1條的也有文獻認可的，這個是根據客戶不同需求，對于分析的卡值嚴格程度不同，所以對score=0的也會有展示的如果客戶要求比較嚴格，可以不參考這些數據，如果二級譜圖質量不好，也是不能使用上述數據。

Q：想檢測某個特定蛋白的棕櫚酰修飾，我該如何選擇？

A：關于目標棕櫚酰蛋白修飾檢測，有一點需要了解，如果有該特定蛋白的IP抗體，可以考慮選擇AM10313或者AM10314試劑盒，進行檢測，最終以目標蛋白修飾為準；或者考慮用AM10315試劑盒先進行反應，后續再用目標WB抗體進行孵育檢測。

Q：如果我想看組織中或者細胞中的所有修飾情況，應該考慮哪個方法?

A：全蛋白的棕櫚酰修飾位點分析，根據實驗室情況和手上平臺資源進行選擇，如果有合作質譜平臺則可以考慮AM10419進行全組織提取蛋白，最后合并后進行質譜檢測分析，但是因為經過富集處理，后續肽段質量或者數量會有一定程度的衰減；部分經費預算充足的可考慮棕櫚酰組學服務，公司也可以提供相關的全修飾組學質譜服務。

Q：實驗過程中，遇到問題我該如何處理？

A：我們所有實驗過程均有設置可以暫停的關鍵節點，如果出現任何操作或者反應現象異常的問題；均可及時與我司售前或者售后人員聯系，以便獲取及時的實驗狀態調整，避免實驗失敗。

Q：試劑盒中的二抗是否有提供？

A：試劑盒名稱中包括“HRP”等字樣的描述，皆表示含有反應中所需的二抗試劑，部分所在實驗室會有相關的HRP二抗對應試劑，因此可以考慮購買不含此試劑的試劑盒，具體情況還需咨詢我司售前或者售后同事。