在制藥工業中，氨基酸被用作治療性蛋白、多肽和小分子（如甲氨蝶呤、n-乙酰半胱氨酸、培美曲塞、卡托普利等）的起始原材料，作為全腸外營養、輔料和活性藥物成分（如左旋多巴、卡西汀、加巴噴丁等）。
用于特定用途的氨基酸的質量和安全必須由適當的分析程序和測試來保證。純度評估中最具挑戰性的部分在大多數情況下是有關物質的分離和檢測。由于氨基酸（天然的和合成的）是相當親水的化合物，并且缺乏一個發色團，用 HPLC 分離和檢測是非常困難的。AA 中存在的雜質的性質在很大程度上取決于它們的來源。重組，合成或其他）和可能的修飾反應，如?；蛲榛?。通常，后期的化合物是其他的 AA、降解的 AA 和前體，在分離和檢測方面造成了同樣的挑戰。
最近 AA 分析的趨勢是分別使用 HILIC 或混合模式色譜柱與 CNLSD、CAD、C4D 或 LC-MS 相結合，這些相對新技術越來越多的應用領域的研究和發現。氨基酸分析是藥物發現各個階段的一項重要生化技術。該方法可用于測定蛋白質（多肽）藥物或其他生物制劑的氨基酸組成和含量，測定蛋白質（多肽）的一級或二級結構，并可定量測定游離氨基酸。
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