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TMT定量蛋白組

TMT為蛋白組定量常用試劑,其構成基團由報告基團(reporter group),質量平衡基團(balance reporter),多肽反應基團(peptide reactive group)。所有的標記基團都具有相同的相對分子質量145,且這些基團能夠和多肽在液相過程中共同洗脫下來并進入串聯質譜進行碎裂。不同樣本的混合物被帶上不同的TMT標簽,這些標簽通過連接在肽段的N端。隨著肽段一并進入串聯質譜中進行碎裂釋放質譜報告基團(reporter group),然后根據這些報告基團的信號強度確定樣本蛋白的相對豐度。

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iTRAQ檢測流程

iTRAQ檢測流程圖

數據分析

統計分析

全局統計分析 全局統計分析

所有鑒定到蛋白表達量的分布范圍,每條曲線表示一個樣本,分布是經過正態分布擬合處理后的,圖中縱坐標為頻數,橫坐標為表達量log10后的數值。

箱式圖 箱式圖

箱式圖又稱盒須圖、盒式圖或者箱線圖,是一種表現有關數據的位置和分散情況資料的統計圖。箱型圖主要包含六個數據節點,可粗略表達出數據是否有對稱性,分散程度等信息。

PCA分析 PCA分析

主城成分分析(PCA分析)是數理統計中的一種降維分析方法,將一組數據的主要矛盾提取出來,提取出的核心要素成為“成分”(component),并以百分比排序。排名靠前的主成分可以反應復雜的數據中的關鍵信息。

火山圖 火山圖

火山圖(Volcano Plot)在一張圖中顯示了兩個重要指標(Fold change/p-Value),可以非常直觀且合理地篩選出在樣本之間發生差異表達的基因。

功能注釋分析

GO注釋 GO注釋

基因的本體論(Gene Ontology)是建立一套特定的詞匯集合來描述生物學功能,以此對基因功能注釋統一化。用于描述生物學功能的詞匯必然反映生物學功能的本質。

KEGG分析 KEGG分析

京都基因與基因組百科全書(KEGG)是基因組破譯方面的數據庫,整合了基因組、化學和系統功能信息的數據庫。

蛋白聚類與互作分析

聚類熱圖 聚類熱圖

聚類熱圖(heatmap)是通過排列矩陣的行列,將相似的數值放在一起展示聚類分析結果的圖像,以直觀的呈現多樣本多個基因的全局表達量變化,呈現多樣本或多基因表達量的聚類關系。

蛋白互作圖 蛋白互作圖

蛋白互作圖(PPI)預測蛋白之間的相互作用的示意圖,每一個圓形表示蛋白質,球之間的線條表示蛋白之間的相互關系,蛋白作為細胞功能執行者,不是憑借單個蛋白獨立執行,而是依靠蛋白之間相互作用執行功能。

樣本類型 細胞系 動物組織
(雞肉&器官)
動物組織
(骨骼&軟骨)
植物組織
(葉片&花)
植物組織
(種子&根莖)
血清/體液 酵母/微生物 蛋白溶液
送樣要求 1×107 50mg 500mg 200mg 5g 500μL 300-400mg 250μg

服務流程

  • 疑問咨詢
  • 項目確認
  • 提交送樣
  • 項目展開
  • 發生報告
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