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KO 細胞池構建

敲除細胞池是使用 CRISPR-Cas9 技術生成的異質細胞群體,其中特定基因被靶向敲除。該過程涉及設計和合成靶向感興趣基因的導向 RNA(gRNA),將 CRISPR-Cas9 試劑轉染到細胞中,并允許細胞增殖。由于轉染效率和 CRISPR-Cas9 活性不會達到100%,敲除細胞池將是具有不同基因型的細胞混合物。

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利用 CRISPR/Cas9 構建穩定敲除細胞池的步驟如下:

1.設計和構建 CRISPR-Cas9 試劑:包括設計和合成靶向感興趣基因的導向 RNA(gRNA)。

2.細胞轉染:將 CRISPR-Cas9 試劑與 gRNA 一起轉染到目標細胞中,使用電穿孔或脂質介導轉染等方法。

3.轉染細胞的篩選:轉染后,通常使用適當的標記物(如抗生素抗性或熒光蛋白)對細胞進行篩選,以富集攝取 CRISPR-Cas9 試劑的細胞。

4.轉染細胞的擴增:選擇的細胞在培養中被允許增殖和擴展,以生成敲除細胞池。

5.敲除效率分析:可以使用 PCR、Western blotting 或測序等各種方法評估敲除池的敲除效率,以確認目標基因的破壞。

6.敲除池的表征:通過分析細胞的異質性并評估基因敲除的功能后果來表征敲除池。

需要注意的是,敲除細胞池是一種由具有不同基因型的細胞組成的異質混合物,因為轉染效率和 CRISPR-Cas9 活性并不是100%高效的。這與克隆敲除細胞系形成對比,后者涉及隔離和擴增具有特定敲除基因型的單個細胞。

KO 細胞池構建的優勢:

  • 成本效益:生成敲除細胞池的成本通常比生成克隆敲除細胞系要低得多。
  • 時間效率:生成敲除細胞池所需的時間比生成克隆敲除細胞系要少。
  • 更快的結果:三周內提供結果,無需研究人員設計、優化和執行 CRISPR 工作流程。
  • 更高的成功率:使用專有多引導技術來靶向編碼蛋白基因,提高編輯效率,最大程度上實現功能性敲除,從而提高成功率并獲得更可靠的數據。
  • 細胞的異質混合:由于轉染效率和 CRISPR-Cas9 活性從未達到100%,敲除細胞池將是一種具有不同基因型的細胞的異質混合。
  • 這些優點使敲除細胞池成為一種成本效益高、時間高效的選擇,可以生成敲除細胞并獲得功能性敲除結果。然而,在選擇敲除細胞池和克隆敲除細胞系之間時,需要考慮研究項目的具體要求和所需的基因同質性水平。

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