RNP 復合體定位其基因組目標，gRNA 堿基對與互補 DNA 鏈，然后酶可以切割兩條 DNA 鏈，從而產生雙鏈斷裂。細胞修復機制通過至少兩種途徑之一來修復 DSB：通過易出錯的非同源末端連接(NHEJ)途徑或同源定向修復(HDR)，它無縫地結合含有 DNA 的 DNA “手臂”對應于斷裂的兩邊。前者的修復途徑通常會導致缺陷的形成和隨之而來的基因破壞后者允許實驗者插入或改變 DNA 序列。

編輯的效率和準確性取決于 Cas9 和 gRNA 進入細胞的方式。這些組件可能已經交付以核酸的形式或作為預組裝的 RNP 復合物向培養的細胞，胚胎或生物體轉移。以普通核酸為基礎遞送方法包括 mRNA 或質粒 DNA 的病毒轉導、轉染或電穿孔。Cas9 蛋白和引導 RNA 在細胞內產生并結合形成復合體。

RNP 的直接遞送需要分離純化 Cas9 蛋白和引導 RNA。這可以在內部完成，或者蛋白質和 sgRNA 可以從幾個商業供應商之一購買。一旦獲得，Cas9 和 gRNA 混合形成酶活性 RNP 復合物，通過直接注射到受精卵/胚胎、脂質轉染或電穿孔等方式導入細胞。我們公司采用將 RNP 直接導入到細胞中，并推薦一種特殊的電穿孔方式來輸送 RNP 在編輯人類原代細胞時。這種方法，細胞核感染，涉及優化的電穿孔程序和細胞類型特異性溶液并允許 RNP 進入細胞質和細胞核。